Я бы пошел с отдельным git-репозиторием, как предложено - github.com или аналогичный. Сохраните там свой код и разверните его в главном репозитории Heroku - Heroku является платформой хостинга, а не местом для ваших репозиториев.
АЛЬТЕРНАТИВНО Воспользуйтесь dropbox и создайте локальное рабочее пространство в папке dropbox, которая синхронизируется на нескольких компьютерах - я использую этот метод, а также git - плюс вы получаете преимущество в этом Dropbox установлена версия, поэтому, если вы удалите / измените файл, который еще не зафиксирован, вы можете получить его обратно.