Почему вы хотите сохранить данные снова - вам не нужно сохранять их, чтобы использовать их, если вы можете загрузить из .txt? Если загрузка из txt-файла не является чрезмерно дорогостоящей во времени (то есть потому, что она требует большой обработки и переформатирования), я не вижу преимущества сохранения ее в другом формате. Что если кто-то / вы измените файлы .txt?
Вместо этого, и вот как я склонен работать, если данные не слишком большие / сложные, имеют скрипт импорта и обработки данных, который содержит код для загрузки данных и обработки его при необходимости из .txt файл. Этот скрипт вызывается из моего скрипта анализа, так что необработанные данные загружаются, обрабатываются и доступны.
Если импорт данных, их обработка / форматирование слишком дороги, чтобы выполнять их каждый раз, когда вы хотите использовать данные, сохраняйте их как объект R (через save()) согласно ответу @Joris Meys.