Службы интеграции не поддерживают кластер, как указано в комментарии. Отказоустойчивость, как вы объяснили, не поддерживается и не будет работать.
Рекомендуется устанавливать службы Integration Services в качестве автономных служб на каждом узле кластера.
MSDN говорит:
Хотя служба Integration Services не является кластерной службой, вы можете вручную настроить службу для работы в качестве ресурса кластера после установки служб Integration Services отдельно на каждом узле кластера. Для тех клиентов, которые считают, что преимущества этой конфигурации перевешивают недостатки, этот раздел содержит инструкции по настройке службы в качестве ресурса кластера.
Однако, если целью создания кластерной аппаратной среды является ваша цель - высокая доступность, вы можете достичь этой цели без настройки службы Integration Services в качестве ресурса кластера. Чтобы управлять пакетами на любом узле кластера с любого другого узла в кластере, измените файл конфигурации для службы Integration Services на каждом узле в кластере. Вы изменяете каждый из этих файлов конфигурации, чтобы указывать на все доступные экземпляры SQL Server, на которых хранятся пакеты. Это решение обеспечивает высокую доступность, в которой нуждается большинство клиентов, без потенциальных проблем, возникающих при работе службы Integration Services. настроен как ресурс кластера.
Подробнее http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms345193.aspx