EF 4.1 - это просто расширение EF 4.0, поэтому вы должны использовать сборки EF 4.0 (System.Data.Entity.dll из GAC) и EF 4.1 (EntityFramework.dll из каталога установки EF 4.1).Если вы добавили ADO.NET Entity Data Model, то это просто EF 4.0, потому что EF 4.1 необходимо добавить вручную или, возможно, с помощью шаблона T4 DbContext Generator.EDMX по-прежнему является функцией EF 4.0.