PhoneGap является открытым исходным кодом. Вы можете сделать свои собственные копии файлов PhoneGap.js с отключенными этими функциями (установите return false; в качестве первой строки функции или что-то в этом роде).
На Android вы можете сделать это с разрешениями в файле AndroidManifest.xml, но, насколько я знаю, такой функции нет для iOS.