Да, но вы должны использовать свободный API:
mb.Entity<FirstEntity>()
.HasMany(a => a.SecondEntities)
.WithMany(b => b.FirstEntities)
.Map(mc =>
{
mc.ToTable("YourTableName", "YourDbSchema");
mc.MapLeftKey("FirstEntityKeyColumnName");
mc.MapRightKey("SecondEntityKeyColumnName");
});