Вот пример, показывающий, как, учитывая матрицу смежности и координаты вершин, мы строим трехмерный разброс графика:
%# sample adjacency matrix and 3D coordinates of points
N = 30; %# number of vertices
[adj,XYZ] = bucky;
adj = full(adj); adj = adj(1:N,1:N);
x = XYZ(1:N,1); y = XYZ(1:N,2); z = XYZ(1:N,3);
labels = cellstr( num2str((1:N)','%02d') ); %'# nodes labels
%# another sample data
%#x = rand(N,1); %# x-coords of vertices
%#y = rand(N,1); %# y-coords
%#z = rand(N,1); %# z-coords
%#adj = rand(N,N)>0.7; %# adjacency matrix
%# plot graph in 3D
[r c] = find(adj);
p = [r c]'; %'# indices
plot3(x(p), y(p), z(p), 'LineWidth',2, 'Color',[.4 .4 1], ...
'Marker','o', 'MarkerSize',10, ...
'MarkerFaceColor','g', 'MarkerEdgeColor','g')
text(x, y, z, labels, ...
'EdgeColor','g', 'BackgroundColor',[.7 1 .7], ...
'VerticalAlignment','bottom', 'HorizontalAlignment','left')
axis vis3d, box on, view(3)
xlabel('x'), ylabel('y'), zlabel('z')
Боюсь, что другая часть гораздо более сложна, и вам придется показать, что вы приложили к этому некоторые усилия, прежде чем кто-то попытается помочь вам ...