Решение состоит в том, что если вы модифицировали PMD через его исходный код и хотите использовать его, вы должны понимать, что PMD также является проектом maven. Поэтому maven projects помогает вам скомпилировать и установить вашу модифицированную программу.
Подробно, когда вы компилируете свой PMD, он создает тестовый класс и файл jar. Если вы замените эти файлы на версию pmd.bin (не на версию pmd.src), вы сможете использовать ваш измененный проект PMD.