Можно поместить ваши свойства в файл и сделать имя и местоположение файла ресурс-ссылкой типа URL в web.xml. Значение ресурса задается в geronimo-web.xml.
Ваш web.xml будет иметь следующую запись:
<resource-ref>
<res-ref-name>configFileName</res-ref-name>
<res-type>java.net.URL</res-type>
</resource-ref>
В geronimo-web.xml вы определяете значение для configFileName
<name:resource-ref>
<name:ref-name>configFileName</name:ref-name>
<name:url>file:///etc/myConfigFile</name:url>
</name:resource-ref>
В Java у вас есть следующий код для поиска значения:
initialContext = new InitialContext();
URL url = (URL) initialContext.lookup("java:comp/env/configFileName");
String configFileName = url.getPath();
Затем вы должны открыть файл и прочитать любое значение в нем.
Результатом всего этого является то, что у вас есть свойства в файле в файловой системе. Он не будет перезаписан при повторном развертывании приложения.