Хорошо, я решил проблему.
Это была ошибка в моем перегруженном операторе new, использующем статический элемент, который не был защищен блокировкой, поэтому, когда объект был удален из моего собственного кода, и в то же время другой объект был удален из JNI интерфейсная нить, kaboom!
Я не нашел ни одного полезного способа решения этой проблемы из отчетов об ошибках.
Чтобы решить эту проблему, я повторил ситуацию в Visual Studio (используя 2 потока и пытаясь вызвать те же методы интерфейса jni, также если они не используются в тестовом проекте Visual Studio), чтобы получить представление о том, что было проблема.
В любом случае, в конце я могу опубликовать свое приложение: -)