Ну, вы, вероятно, хотите прочитать о загрузчиках .Net.
http://msdn.microsoft.com/en-us/magazine/cc163899.aspx
Visual Studio позволяет создавать проекты установки, в которых можно указать, что инфраструктура является обязательным условием.
Одно из небольших неудобств, связанных с загрузчиком Microsoft, заключается в том, что вам необходимо отправить EXE вместе с вашим MSI (EXE заботится о загрузке). Это может или не может быть остановкой корабля для вас. Загрузчик бесплатно включен в Windows SDK.
Более усовершенствованные / дорогостоящие установки, такие как Wise или Installshield, позаботятся об этом за вас (и позволят вам упаковать все в один EXE-файл).
Если вы идете по пути WiX: прочтите этот вопрос .