В настоящее время вы создаете список объектов анонимного типа с
from i in Doc.Descendants("Section")
select new { ... }
Вместо этого создайте список элементов для обновления:
var items = from i in Doc.Descendants("Section")
select i;
foreach (var item in items)
{
item.Element("ID").Value = "VALUE";
item.Element("Foo").Value = "Foo";
}
Doc.Save(...);
Обратите внимание, что в XML учитывается регистр.