Я использую Eclipse Helios в качестве C ++ IDE. Os Ubuntu 10.04. Я регулярно использую его для отладки и не помню, чтобы когда-либо были серьезные проблемы. У меня никогда не было проблем с «нестабильностью» при работе с проектами значительного размера, включая приложения Qt.
Я подозреваю, что вы - единичный случай. Если вы более конкретны, мы могли бы помочь. Если вы хотите отказаться от Eclipse, я слышал хорошие отзывы о Qt Creator, но все же считаю Eclipse превосходным.
Единственное, что меня беспокоит при отладке, это то, что отладчик не учитывает точки останова внутри функций шаблона, а исходный код не отображается для функций шаблона. Если я правильно помню, для Qt Creator это не так, но сейчас я не уверен.