В первом случае:
[window addSubview:viewController.view]
Вы добавляете свои представления View Controller как подпредставление вашего окна.
, находясь в
[self.window.rootViewController = self.viewController]
Вы находитесьпросто указав, что корневым View Controller для этого окна будет self.viewController.Однако это в основном то же самое, потому что, идентифицируя это как ваш корневой viewController, вы также делаете представление этого viewController подвидом окна.
По сути, первым способом был старый способ сделать это, поскольку свойство rootViewControllerновое в iOS 4.0.Новый способ проясняет, что это вид сверху вашего приложения.