Во-первых, я догадываюсь, в чем может быть проблема. У вас есть пробелы в пути к файлу? Если это так, runemacs.exe может трактовать путь как два разных файла и открывать их.
Во-вторых, я бы порекомендовал использовать "сервер Emacs". Выпустив M-x server-start RET
в Emacs и связав .erl с "emacsclient", вы можете открывать файлы в работающем Emacs, а не запускать новый.