Мое решение состояло бы в том, чтобы добавить к ключу в авторизованных ключах команду = "<некоторый скрипт>". Затем этот сценарий должен установить переменную среды для использования с этим ключом (или передать ее в качестве параметра для команды). Да, и не забудьте, чтобы скрипт запускал оболочку. Так что-то по линии
#!/bin/sh
export SomeVariable=$1
bash