Запустите два экземпляра php-fpm, опишите его в одном upstream разделе.
upstream fast_cgi {
server localhost:9000;
server localhost:9001 backup;
}
Измените nginx.conf, чтобы использовать fastcgi_pass fast_cgi;
.
После этого, если вы перезапустите один экземпляр, nginx обработает запрос через второй экземпляр php-fpm.