Встроенные функции, доступные в файлах * mmintrin.h, доступны только на машинах SSE, но доступны для разных компиляторов.Векторные расширения GCC более ограничены, но реализованы на более широком спектре платформ и, очевидно, специфичны для GCC.
Как и во всем, нет «лучшего» ответа;вам придется выбрать тот, который соответствует вашим потребностям.