Полагаю, вы не собираетесь добавлять файлы в подпункт, также в родительский репозиторий - это, вероятно, будет плохой идеей (хотя и возможно).
Да, вы можете создавать репо под другим репо, обычно имеет смысл использовать их как
Подмодули . Обычно я нахожу Pro Git book полным, но дружественным источником.
Если это выглядит ошеломляюще, вот краткая сводка: Таблица Git Submodules . Дополнительные команды, которые вы будете использовать на практике:
git submodule add pathto/subrepo # to add/link a subrepo(app1/framework to parent one /app1, the first time
git submodule update [--init] # if parent repo is shared(clone), where someone else added a submodule [--init: first time after the clone]
git commit # an extra commit on parent repo to record the changes in the subrepo