File->Project Settings (или File->Workspace Settings, если вы находитесь в рабочей области), а затем нажмите на вкладку «Снимки»: вы хотите снять флажок «Создать снимок проекта перед операциями массового редактирования».
Спасибо Teknogrebo за то, что он указал в комментариях, как это сделать для рабочих пространств, а не проектов.