Я наконец нашел решение. Можно внедрить EntityManager в Spring, не прибегая к @PersistenceContext. Существует Spring Factory для создания общего EntityManager. С учетом фабрики Entity Manager
<bean id="entityManager" class="org.springframework.orm.jpa.support.SharedEntityManagerBean">
<property name="entityManagerFactory" ref="entityManagerFactory" />
</bean>
<bean id="myJpaFacade" class="com.example.MyJpaFacade">
<property name="entityManager" ref="entityManager" />
</bean>
Теперь я могу удалить аннотацию @PersistenceContext из MyJpaFacade, чтобы Glassfish не пытался искать и внедрять менеджер сущностей в свойство entityManager.