Если ваши файлы не совпадают, вероятно, они имеют одинаковый размер? Если нет, вы можете сразу определить размеры файлов (fseek до конца, ftell, чтобы определить положение), и если они отличаются, то вы знаете, что они не одинаковы без сравнения данных. Если размер одинаковый, не забудьте вернуться к началу.
Если вы прочитаете ваши файлы в большие буферы памяти и сравните каждый буфер с помощью memcmp (), вы улучшите производительность. Вам не нужно читать весь файл сразу, просто установите большой размер буфера и считайте блоки такого размера из каждого файла для каждой итерации сравнения в вашем цикле. Функция memcpy будет работать с 32-битными значениями, а не с 8-битными байтами.