Я думаю, что это должно делать то, что вы хотите - по крайней мере, стоит попробовать:
var query = from link in db.Links
join host in db.Hosts on link.HostID equals host.ID
group link by host.Url into links
select new
{
Url = links.Url,
IntLinks = links.Count(link => link.ExtFlag == 0),
IntBroken = links.Count(link => link.ExtFlag == 0 &&
link.ResponseCode >= 400),
ExtLinks = links.Count(link => link.ExtFlag == 1),
ExtBroken = links.Count(link => link.ExtFlag == 1 &&
link.ResponseCode >= 400),
};