Если вы хотите собрать бинарный файл windows на linux, вам нужно сделать кросс-компиляцию. Это означает, что вам нужно установить кросс-компилятор Windows, а также библиотеки, с которыми вы связываете и кросс-компилятор . Для базовой программы Qt это означает, что вам нужен как минимум кросс-скомпилированный Qt.
Кросс-компиляция не имеет ничего общего с Eclipse или Qt Creator. Я не думаю, что оба поддерживают кросс-компиляцию из коробки, но я думаю, вы могли бы заставить их сделать это.