Улучшение ответа @ GoZoner:
git clone <repository> foo; shopt -s dotglob nullglob; mv foo/* .; rmdir foo
Команда shopt взята из этого ответа SO и изменяет поведение команды 'mv' на Bash для включения файлов точек, которые вам понадобятся для включения каталога .git и любых других скрытых файлов. .
Также обратите внимание, что это гарантированно будет работать как есть, только если текущий каталог (.) Пуст, но он будет работать до тех пор, пока ни один из файлов в клонированном хранилище не будет иметь того же имени, что и файлы в текущем каталоге. , Если вам все равно, что находится в текущем каталоге, вы можете добавить опцию -f (force) к команде 'mv'.