Я думаю, что дизайнер WinForms регенерирует файл form.designer.cs всякий раз, когда вы открываете его, вызывая извлечение.Конечно, файл не заканчивается каким-либо другим кодом, но он был переписан заново.
Кроме того, если у вас есть код в конструкторе, этот DOES запускается дизайнером.Возможно, этот код устанавливает свойство для элемента управления (но не для нового значения), которое заставляет дизайнера захотеть восстановить файл.