Я не думаю, что есть какой-либо способ сделать это напрямую в PHP. Даже если бы это было так, это было бы не самым разумным поступком.
Лучше всего подключить ваше веб-приложение к программе командной строки, такой как ffmpeg , и вызывать системные команды из сценария PHP.
Я бы подошел к этому путем создания очереди заданий с помощью веб-приложения, добавляющего задания в очередь и выделенные рабочие процессы, извлекающие из очереди, выполняющие задание и записывающие завершение задания в другом месте.
Это означает, что вашим пользователям не придется ждать перекодирования видео в реальном времени.