Взаимодействие Clojure с Java очень хорошее, так что ничто не мешает вам использовать weka из clojure. Если вам нужно создать унаследованные классы или классы, соответствующие интерфейсам, для работы с weka, все это можно сделать изнутри clojure.
См. Страницы clojure по типам данных и java interop .
По сути, как программист clojure, вы должны видеть весь Java-пейзаж в качестве игровой площадки.