Это не совсем то, о чем вы просили, но он работал для нас как способ совместного использования кодовой базы и отсутствия жестко закодированных путей в наших конфигурациях запуска. Вместо использования переменной classpath используйте переменную подстановки строк (настроенную в windows -> preferences -> run/debug -> String Substitution
). Установите его на тот же путь, что и значение M2_REPO, и сохраните. Используя приведенный выше пример, если имя переменной строковой подстановки было также M2_REPO, аргумент виртуальной машины будет
-javaagent:${M2_REPO}/org/apache/openjpa/openjpa/2.1.0/openjpa-2.1.0.jar
Чтобы быть еще более понятным, я бы лично создал переменную подстановки строк openjpa_2_1_0_agent, которая шла прямо в ваш открытый jpa jar.