Каков наилучший подход для реализации настроек / предпочтений?
Трудно ответить, что широко, есть подходы, и у каждого есть свои плюсы и минусы. Обычно в PHP лучший подход заключается в реализации настроек в переменной массива. Позже вы можете добавить сложности, добавив к нему интерфейс ArrayAccess, преобразовать переменную в класс или даже полный фасад классов.
Я не хочу ставить IF Statemant каждый раз, когда нужно что-то запустить. Есть ли более объективный способ?
Если это что-то условно, должно быть условие. Даже если для этого достаточно часто, вы можете просто довольно часто писать выражения:
if ($true) do_the_thing();
$true && do_the_thing();
Вы должны знать основы языка и знать порядок операторов, чтобы правильно писать выражения.
Когда я могу научиться делать такие вещи?
Начните сейчас;)