Использование собственного клиента CPAN дает вам доступ ко всем модулям на CPAN, большинство из которых, вероятно, не упакованы вашим дистрибутивом, но за счет того, что менеджер пакетов вашего дистрибутива не знает, что они установлены (для разрешения зависимостей, так далее.). Я знаю, что Debian предоставляет пакет dh-make-perl
для преобразования модулей CPAN в debs, что, похоже, должно дать вам лучшее из обоих миров, но я никогда не пробовал сам.
Однако самое важное - выбрать один или другой метод и придерживаться его.