Я бы изменил вашу задачу jar, чтобы включить несколько наборов файлов;один для классов и один для исходных файлов.
<jar destfile="${target.dir}/my-app.jar">
<fileset dir="${target.dir}/classes" />
<fileset dir="${src.dir}" includes="**/*.java"/>
</jar>
Упаковка должна рассматриваться как отдельная задача от компиляции.Это даст вам больше гибкости.Например, вы можете добавить другие наборы файлов в jar (например, файлы свойств), или вы можете упаковать свои источники в файл jar, который отделен от ваших файлов классов.