Очень, очень просто: [1,2,3]
Список похож на столбец.
1
2
3
Если вам нужен список, похожий на строку, двойной корсет:
[[1, 2, 3]] ---> 1, 2, 3
и
[[1, 2, 3], [4, 5, 6]] ---> 1, 2, 3
4, 5, 6
Наконец:
np.savetxt("file", [['r1c1', 'r1c2'], ['r2c1', 'r2c2']], delimiter=';', fmt='%s')
Обратите внимание, запятая в квадратных скобках, внутренний список - это элементы внешнего списка