Для PHP файлов резервное копирование не требуется. Используйте subversion, cvs, git или любую другую систему управления версиями, в которой вы хотите хранить копии своих файлов. Храните SVN вне рабочего сервера.
Для Apache вам понадобится одноразовая резервная копия файлов конфигурации, если вы ее сильно изменили. В противном случае это не то, что вы резервное копирование на ежедневной основе. Если вы имеете в виду файлы, которые обрабатывает Apache, например загруженные пользователем изображения и прочее, создайте сценарий копирования sh, прикрепите его к cron и запускайте так часто, как вам нравится. Для этого вам не нужно останавливать сервер.
Сейчас MYSQL . Это самый сложный вопрос, так как он зависит от того, как хранятся ваши таблицы. InnoDB хранятся в большом файле вместе, если не указаны некоторые директивы. Таблицы MyIsam - это обычные файлы, которые вы можете скопировать напрямую. Если у вас есть транзакции и внешние ключи, создание резервных копий немного сложнее, потому что вы хотите сохранить целостность базы данных. В этом случае вы либо останавливаете сервер, выполняете резервное копирование и перезапускаете, либо, как говорили другие, настройте репликацию и выполните резервное копирование на ведомом устройстве, которое можно остановить, не прерывая действия. Я делаю резервную копию ночной резервной копии базы данных, которая теперь 4 ГБ, без остановки сервера.