Предполагается, что вы используете апплет, а не Java в среде CLI на сервере? Если это так, то ваша среда выполнения Java работает на клиентском компьютере, а не на сервере.
В Java также есть лучший способ обработки нескольких команд, чем точка с запятой. Вместо использования подписи:
Runtime.exec(String)
попробуйте использовать это для каждой из ваших команд:
Runtime.exec(String[])
и сделайте каждый аргумент вашей команды элементом в массиве String.