Я не эксперт (даже почти), но у меня есть некоторый опыт работы со сборочными движками и автоматическим развертыванием. Вот что мы сделали:
Мы используем IBM RTC для процесса сборки и STAF для развертывания (в Windows и в Linux). Все управляется через ANT - сборка, тесты и развертывание. Это работает довольно хорошо.
STAF - это небольшой инструмент (тоже от IBM, но с открытым исходным кодом), который работает в Windows и Linux. Он предоставляет методы для взаимодействия с удаленными компьютерами (например, копирование файлов или запуск задач). Вы также можете написать собственную программу на Java для STAF (своего рода плагин), которая будет делать то, что вы хотите на удаленной машине.
Если вы уже работаете с Java, это может быть хорошим решением.