Очень сложно сказать, не анализируя систему ... Сначала вы должны найти, где большая часть времени проводится в запросах.Это не обычный ngingx или apache, являющийся причиной проблем.
Учитывая, что вы разместили это с тегом ruby-on-rails, я полагаю, что у вас есть приложение rails позади nginx ... Скорее всего, это railsприложение, которое вызывает проблемы.Первое, что я хотел бы проверить, это запросы к базе данных.Проверяйте журналы на медленные запросы и пытайтесь найти способ сделать их быстрее ... Индексы - это всегда хорошая точка для начала ....
Если вы не можете найти что-либо, попробуйте инструменты как новую реликвию, котораянайдет, где ваши проблемы с производительностью ...