В настоящее время многие веб-приложения где-то имеют конфигурационный файл, в котором хранятся такие вещи, как информация для входа в базу данных и так далее. В только что установленном приложении код может проверить наличие файла конфигурации или некоторых переменных в нем и, если его нет, перенаправить на скрипт установки.
Тот же скрипт может позже отказаться работать, если файл конфигурации присутствует. Также общепринятой практикой является указание пользователю удалить установочный скрипт / папку после настройки. Некоторые даже делают все возможное для принудительного удаления, вообще не работая при наличии файлов.
Есть и другие способы делать то, что вы хотите, но я нашел, что это наиболее распространенный среди веб-приложений с открытым исходным кодом.