Я с большим успехом использую JavaBayes для моего финального проекта магистерской диссертации.Проверьте это в http://www.cs.cmu.edu/~javabayes/ У этого есть большой набор примеров, очень приличная документация, графический дизайнер и очень полезный API.
Я помню, что я провел небольшое исследование относительно доступных реализаций Bayesian Networks в Javaи я был приятно удивлен, когда нашел эту библиотеку.Я настоятельно рекомендую это.