Нет, вам не нужно устанавливать сертификат.
Сертификат, который использовался для подписи вашего setup.msi, хранится в setup.msi. Конечно, он не содержит своего закрытого ключа, так что никто не сможет использовать его для подписи чего-то другого. Сертификат, хранящийся в MSI, используется для проверки того, является ли он доверенным или нет, а также для проверки целостности пакета.