Размер стека по умолчанию для приложения .NET составляет 1 МБ (по умолчанию 256 КБ для 32-разрядных приложений ASP.NET и 512 КБ для 64-разрядных приложений ASP.NET), но вы можете изменить это. Для приложения вы можете изменить размер по умолчанию, изменив PE-заголовок исполняемого файла. Для потоков, которые вы создаете, вы можете использовать перегрузку конструктора, которая принимает размер стека.
Но, как указывает в своем ответе Антон Тийхий, массивы являются ссылочными типами и, таким образом, расположены в куче (даже если массив содержит кучу типов значений).