У меня была та же проблема, и диспетчер пакетов NuGet показывал как установленный.
Я открыл проект, зашел в Tools, Extension Manager, зашел в Tools, выделил NuGet Package Manager, удалил.
Перезагрузка (возникла проблема с VS2010 и VS2012)
Пошел в Инструменты, Менеджер расширений, Онлайн-галерея, нашел Менеджер пакетов NuGet, скачать, установить, перезагрузить.
Тогда у меня был диспетчер пакетов библиотеки, где он должен быть.