Во-первых, подумайте, что просто составить список успешных команд - едва ли лучшая вещь, которую можно представить как «воспроизводимое исследование». Вы, скорее всего, добавили много «дополнений» на этом пути, например, summary(My_Data) или sd(My_Data$pumpkin.size), которые не имеют отношения к фактической последовательности анализов, которые вы хотите представить.
Я бы порекомендовал вам сохранить весь журнал консоли или файл истории. Затем отредактируйте его вручную, чтобы собрать только интересующие вас команды, и поместите их в отдельный файл сценария.
Последнее замечание: если на самом деле вы берете сотни или даже десятки команд для завершения анализа, используйте язык LOLCATS: «UR doin it RONG». Напишите некоторые функции, оберните их в сценарии и, если необходимо, оберните сценарии в «родительский» сценарий. Это значительно облегчит вам (или другим) воспроизведение того, что вы сделали.