Вы можете сохранить конфигурацию в файле конфигурации codeigniter,
создать класс-оболочку, который обернет HTMLPurifier,
и поместить все ваши настройки конфигурации в конструктор, например так: -
class Purifier extends HTMLPurifier
{
public function __construct()
{
// call parent::__construct
// load and set your configuration
// seq might affect the logic, you might want to reverse it
}