R read.xlsx дает мне исключение java.io.FileNotFoundException

Question

Я пытаюсь использовать пакет R xlsx для загрузки файла, доступного по этому URL: http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019

library(xlsx)
filename="/home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx"

system(paste("ls -l",filename))
-rw-rw-r-- 1 avilella avilella 2372143 2011-12-11 16:36 /home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx

После загрузки я пытаюсь загрузить его в R, используя read.xlsx или read.xlsx2:

file <- system.file("mobile.element.insertions.1000g", filename, package = "xlsx")
res <- read.xlsx2(file, 1)  # read first sheet

Но я получаю ошибку:

Ошибка в .jnew("java/io/FileInputStream", file): java.io.FileNotFoundException: (нет такого файла или каталога)

Есть идеи?

Answer 1

1) xlsx package. Попробуйте использовать file.choose, что позволит вам интерактивно перейти к файлу и тем самым исключить возможность его неправильной идентификации:

fn <- file.choose()
DF <- read.xls(fn, 1)

2) пакет gdata. Если вышеприведенное все еще не работает, вы можете попробовать read.xls в gdata.Он использует Perl-программу, а не Java.Он может читать как файлы xls, так и xlsx, а также считывать данные прямо из сети (загружая их во временный файл и читая оттуда способом, понятным для пользователя):

library(gdata)
URL <- "http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019"
DF <- read.xls(URL)

?read.xls в gdata имеет больше информации.