Невозможно опубликовать веб-сайт, созданный в Visual Studio 2010, если это не проект веб-приложения.
Файловые веб-проекты, созданные с использованием File -> New -> Web Site... или Shift+Alt+N (при условии, что вы не меняли нажатия клавиш), могут публиковаться только с использованием расширений FrontPage при публикации на http://www.mysite.com.
.да, вам нужно преобразовать проект "веб-сайт" в "веб-проект", чтобы иметь возможность публиковать с помощью Web Deploy.