Здесь есть две разные проблемы: как устроена ваша вики и как структурированы ваши URL. В MediaWiki рекомендуется установить отдельный экземпляр для каждого языка, так как:
- Позволяет легко связать между собой вики
- Упрощает настройку языка интерфейса по умолчанию на язык контента
- Остановить результаты поиска от кровотечения по языкам (поиск на французской вики, получить только французские ответы)
С другой стороны, то, как это показано пользователю, - это ваш звонок. Википедия предпочитает использовать разные домены, например. en.wikipedia.org и fr.wikipedia.org. Википутешествие использует один и тот же домен, но разные подкаталоги, например. wikitravel.org/en и wikitravel.org/fr. Я не знаю каких-либо серьезных последствий для SEO (оба стиля хорошо отображаются в Google), но использование поддоменов немного проще в настройке, так как вам не нужно трогать пути MediaWiki по умолчанию (/ w, /wiki).