Это то, что я решил сделать. Надеюсь, что это ставит кого-то еще в правильное положение.
С особой благодарностью @Pekka за терпение, руководство и поддержку.
// Replaces combination char with special chars
$phrase = "`U `are ^here tod`ay.";
$search = array("`U", "`a", "^h");
$replace = array("û", "ñ", "à");
$resulte = str_replace($search, $replace, $phrase);
Может быть чище, хотя функция