Файлы в кеше dalvik не являются оригинальными файлами dex - это файлы odex (оптимизированные dex). Когда приложение установлено, его dex-файл извлекается, а затем dalvik запускает на нем этап оптимизации и сохраняет результат в кеше dalvik.
Разрешения каталога для каталога кэша dalvik не позволяют несистемному приложению перечислять содержимое каталога, но разрешение на выполнение установлено, и сами файлы odex доступны для чтения всем пользователям, поэтому приложение может получить к ним доступ, если оно знает их имя файла. .
Однако было бы трудно проверить целостность файла odex, потому что они потенциально различны на каждом устройстве. Таким образом, вы не сможете выполнить простую проверку контрольной суммы.
Я полагаю, вам нужно было бы сделать глубокое сравнение структур файла dex и сравнить их с исходным файлом dex. Если вы хотите быть действительно уверенным, вам нужно сначала деодексировать файл odex, а затем сравнить результат с исходным файлом dex.