Я не знаю, действительно ли это то, что вам нужно, но ... Я поставляю Java-приложение в формате .dmg (содержащее папку .app) на OS X.
Вот что я делаю: при запуске приложение связывается с моим сервером и, если доступна новая версия, сообщает об этом пользователю. Но приложение не обновляется автоматически.
Обратите внимание, что вы должны быть очень осторожными с автоматическими обновлениями: если вы испортите выпуск и раздадите сломанное обновление, то все может очень быстро очень плохо. Это недавно произошло со скайпом, и ситуация действительно была довольно грязной.